W ramach struktury organizacyjnej Zakładu wyodrębnia się zakłady lecznicze obejmujące rodzaje prowadzonej działalności leczniczej:

1. Szpital, w skład którego wchodzą następujące komórki organizacyjne:

• Izba Przyjęć,
• Oddział leczenia ostrych zaburzeń psychicznych,
• Oddział ogólnopsychiatryczny IV – Klinika Psychiatrii UM w Białymstoku,
• Oddział ogólnopsychiatryczny V z całodobowym pododdziałem detoksykacyjnym dla osób uzależnionych od substancji psychoaktywnych,
• Oddział ogólnopsychiatryczny VI,
• Oddział ogólnopsychiatryczny dla chorych somatycznie („psychosomatyczny”),
• Oddział III – psychogeriatrii,
• Oddział leczenia alkoholowych zespołów abstynencyjnych,
• Oddział terapii uzależnienia od alkoholu dla mężczyzn,
• Całodobowy oddział terapii uzależnienia od alkoholu dla kobiet,
• Oddział leczenia zaburzeń nerwicowych i zaburzeń osobowości,
• Oddział psychiatrii sądowej o podstawowym zabezpieczeniu,
• II Oddział psychiatrii sądowej o podstawowym zabezpieczeniu,
• Oddział psychiatrii sądowej o wzmocnionym zabezpieczeniu,
• II Oddział psychiatrii sądowej o wzmocnionym zabezpieczeniu,
• Oddział neurologiczny z pracownią elektroencefalograficzną,
• Oddział rehabilitacji neurologicznej,
• Oddział Rehabilitacji Ogólnoustrojowej,
• Oddział opieki domowej,
• Dział Diagnostyki Laboratoryjnej,
• Dział Diagnostyki Obrazowej,
• Pracownia Fizjoterapii i Usprawnienia Leczniczego,
• Zespół Transportu Medycznego,
• Apteka Szpitalna.

2. Zakład opiekuńczo-leczniczy z rehabilitacją psychiatryczną,

3. Zespół Poradni Specjalistycznych, w skład którego wchodzą następujące jednostki i ich komórki organizacyjne:

• Centrum Zdrowia Psychicznego, Leczenia Uzależnień i Padaczek, w tym:
• Poradnia zdrowia psychicznego,
• Oddział dzienny dla chorych z zaburzeniami psychicznymi,
• Poradnia terapii uzależnienia od alkoholu i współuzależnienia,
• Dzienny oddział terapii uzależnienia od alkoholu,
• Zespół leczenia środowiskowego,
• Specjalistyczna poradnia padaczek,
• Gabinet diagnostyczno-zabiegowy;
• Poradnia podstawowej opieki zdrowotnej,
• Poradnia geriatryczna;
• Poradnia ginekologiczna;
• Poradnia zdrowia psychicznego dla dzieci i młodzieży.

4. Komórki organizacyjne działalności niemedycznej:

• Dział Kontraktowania, Monitorowania i Rozliczeń Świadczeń Medycznych,
• Dział Ekonomiczno-Finansowy z Rachubą Płac,
• Dział Spraw Pracowniczych,
• Dział Organizacyjno-Prawny,
• Dział Techniczno-Gospodarczy,
• Dział Dietetyki i Żywienia,
• Dział Utrzymania Higieny Szpitalnej,
• Sekcja Zamówień Publicznych.

5. Stanowiska samodzielne:

• Przełożona Pielęgniarek,
• Specjalista ds. Epidemiologii,
• Specjalista ds. Kontroli Zarządczej,
• Specjalista ds. promocji i komunikacji społecznej,
• Inspektor Ochrony Danych,
• Służba BHP,
• Inspektor Ochrony Przeciwpożarowej,
• Pełnomocnik ds. Obronnych i Ochrony Informacji Niejawnych,
• Stanowisko Administracyjno-Biurowe,
• Kapelani Szpitalni.